A peine Accelerator a-t-il retrouvé Last Order que de nouveaux ennuis arrivent. Amata Kihara, un chercheur qui a participé aux expériences sur l'esper, parvient contre toute attente à le frapper au visage et à s'emparer de la petite fille ! Et comme si ça ne suffisait pas, voilà qu'Index débarque...