Très jeune, Uryû Kamihate a perdu sa mère des suites d'une maladie. Depuis, il n'a qu'un seul objectif : intégrer le prestigieux département de médecine de l'université de Kyôto. Sans le sou et n'ayant aucun autre endroit où aller, il accepte de venir vivre au sanctuaire Amagami... sans savoir qu...