En 1864, quatre-vingt ans après la fin de son combat contre l'école du Ittôryû, Manji, samouraï immortel, mène une vie retirée, loin du tumulte provoqué par l'ouverture du Japon à l'Occident et par la guerre que se livrent les partisans de la restauration de l'empereur et les soutiens du shogunat...