L'édition originale La Nerv a été décimée par la Seele et seuls quelques membres ont survécu au massacre. Alors qu'Asuka affronte, débordée, les 9 Eva Series, Gendo entraîne Rei dans les profondeurs afin de lui faire rencontrer Lilith... Quant à Shinji, il retrouve le courage suffisant pour voler...