Alors que les Yoshis vivaient paisiblement sur l'île oeuf, un petit être tombe soudainement du ciel : Bébé Mario ! Mais pourquoi est-il seul ? Où est passé son frère Bébé Luigi ? ! ? Hein ? Il a été enlevé par Bébé Bowser ? ! ? Yoshi décide alors de prendre Bébé Mario avec lui et de partir à sa r...