Afin de ne pas être renvoyé du lycée, Tsukuné accepte de travailler pour le compte du proviseur au comité exécutif. Dès son arrivée, il rencontre Hokuto Kanéshiro, chef du Comité et figure de proue dans la lutte contre l'organisation Antithèse, qui le prend sous son aile. Mais l'ennemi est partou...